Еще в начале XX века исследователь Арктики Александр Васильевич Колчак подавал в генштаб рапорт о том, что необходимо провести исследовательскую экспедицию из Владивостока в Северный Ледовитый океан. Для нее он предлагал построить два компактных ледокольных парохода.
В 1907 году на верфях Невского судостроительного завода в Санкт-Петербурге заложили два одинаковых судна длиной по 54 метра и шириной 11 метров — «Вайгач» и «Таймыр». Их стальные корпуса специально сделали яйцеобразными, чтобы при сжатии льды выталкивали судно вверх, а не разрушали. Пароходы были оснащены одинаковыми паровыми машинами тройного расширения мощностью 1200 л. с., двумя цилиндрическими котлами. Они могли развивать скорость 9 узлов. При движении в воде, свободной от льда, суда проходили до 12 тысяч миль, не пополняя запасы угля.Еще во время строительства Колчак был назначен командиром «Вайгача», и осенью 1909 года совершил на нем пробное плавание в Финском заливе. 28 октября 1909 года «Таймыр» и «Вайгач» начали свой путь из Петербурга во Владивосток. Плавание длилось более семи месяцев и прошло не без приключений. Корабли прошли Стокгольм и Киль, а в Северном море попали в жестокий шторм, обогнули Европу и дошли до Порт-Саида и даже охотились на акул в Индийском океане, пока чинили сломанный котел «Вайгача».
3 июня 1910 года «Таймыр» и «Вайгач» прибыли во Владивосток, а 17 августа взяли курс на Камчатку. Начальником экспедиции был назначен опытный гидрограф Иван Семенович Сергеев. Экспедиция собиралась разведать Северный морской путь и пройти по нему через шесть арктических морей до Архангельска, попутно проводя гидрографические и гидрометеорологические работы и нанося на карту арктическое побережье Российской империи.
Мимо бухты Провидения через Берингов пролив путешественники прошли в Северный Ледовитый океан. Там произошел курьезный случай. К «Вайгачу» подошла байдарка чукчей. Событие рядовое — чукотские охотники часто предлагали морякам купить свою добычу, — если бы один из них не заговорил с русскими офицерами по-французски. Оказалось, что это француз, совершавший кругосветное путешествие пешком. Вскоре «Вайгачу» и «Таймыру» пришлось отправиться в обратный путь из-за снегопадов. Во Владивостоке Колчак получил предписание прибыть в Петербург. Потом он сожалел, что не смог пройти намеченным маршрутом.
В 1911 и 1912 годах экспедиция изучала Восточно-Сибирское и Чукотское моря. В 1912 году «Таймыр» и «Вайгач» прошли на запад до бухты Тикси. Были описаны Медвежьи и Новосибирские острова, часть материкового побережья. Во время похода 1913 года тяжело заболел И. С. Сергеев. Экспедицию возглавил старший лейтенант Б. А. Вилькицкий, командир «Таймыра».
Ранним утром 21 августа (3 сентября н. ст.) 1913 года на 78°24‘ северной широты, 106°22‘ восточной долготы вахтенные офицеры на двух судах почти одновременно внесли в судовые журналы одинаковую запись: «По носу на горизонте виднеется земля». Ледоколы, сколько позволял лед, прошли вдоль берега, видимая часть была нанесена на карту.
22 августа (4 сентября) на мысе Берга (80° с. ш.) был зачитан приказ начальника экспедиции об открытии новых земель и присоединении их к России и под оружейные залпы на берегу был поднят русский флаг — открытая земля официально была присоединена к России.
В конце Первой мировой войны в связи с тяжелым продовольственным положением в северных районах европейской части России был запущен проект доставки продовольствия Северным морским путем.
Так как в навигационном отношении этот путь оставался еще плохо изученным, одновременно с доставкой хлеба требовалось организовать гидрографическую экспедицию для исследования западной части Северного Ледовитого океана. Тогда «Вайгач» и «Таймыр» снова отправились в путь.
В сентябре 1918 года после захода на Диксон «Вайгач» потерпел крушение в Енисейском заливе недалеко от мыса Ефремов Камень. Причиной гибели судна стал скальный выступ, не обозначенный на картах. Сейчас он известен как скала Вайгач. Ледокол насел на него и частично затонул. Над поверхностью воды оставался нос, на котором порой ночевали рыбаки. До Сибири докатилась Гражданская война, и о судне на время забыли. Когда советская власть в устье Енисея окрепла, появились планы поднять «Вайгач», но им не было суждено осуществиться. В 1923 году его обследовали водолазы. Затем он был надолго забыт.
Поиски легендарного парохода начались в 80-е. Летом 2020 года участниками комплексной экспедиции «Главный фасад России. История, события, люди», организованной РГО и Северным флотом, на глубине 27 метров недалеко от мыса Ефремов Камень был найден подводный объект. Историки предположили, что это может быть «Вайгач», однако идентифицировать его удалось лишь в этом году в рамках комплексной экспедиции «Помни войну». Современные методы организации подводных работ и новейшее оборудование принесли результат: затопленное судно было тщательно обследовано, и теперь можно сказать, что в его истории на месте вопросительного знака поставлена точка.